آلکالین فسفاتاز در بیماری های کبد (مانند هپاتیت، سیروز، سرطان کبد، انسداد مجاری صفراوی، داروهای مسموم کننده کبد) و بیماری های استخوان (مانند افزایش استخوان سازی در بیماری پاژه paget's ، روماتیسم مفصلی، ترمیم شکستگی) افزایش می یابد. سطح ALP در بچه ها و نوجوانان درحال رشد بالاتر است. ALP در حاملگی افزایش می یابد. سایر مواردی که ALP افزایش می یابد، عبارتند از: بیمای ویلسون، هموکروماتوز، چاقی، اختلالات متابولیکی، مقاومت به انسولین درصورت بالا بودن مقدار ALP، باید مشخص شود که آیا منشا آن بیماری کبد است یا استخوان. برای این منظور باید ایزوآنزیم های ALP شناسایی شوند. اگر نتایج سایر آزمایش های پانل کبد هم غیر طبیعی باشند، افزایش ALP نشان دهنده ی بیماری کبدی خواهد بود و اگر نتایج کلسیم و فسفر غیر طبیعی باشند، احتمال وجود ضایعه ی استخوانی مطرح می شود. آزمایش های جی.جی.تی- GGT- و نوکلئوتیداز5-5 ُ-nucleotidase- برای افتراق بیماری کبد و استخوان به کار می روند. هر دوی این پارامترها در بیماری کبد افزایش می یابند