• افزایش سیستاتین سی با کاهش میزان فیلتراسیون گلومرول های کلیه (GFR) و در نتیجه با کاهش عملکرد کلیه ها ارتباط دارد. • سیستاتین سی با هیپرهوموسیستئینمی – افزایش سطح هوموسیستئین- که معمولا در بیماران پیوند کلیه مشاهده می شود مرتبط است. • سطح سیستاتین سی با پیشرفت بیماری کبد افزایش می یابد. • استفاده از داروهای کورتیکواستروئیدی می تواند باعث افزایش سیستاتین سی شود. • سیکلوسپورین ممکن است موجب کاهش سطح سیستاتین سی شود.. • سطح سیستاتین سی ممکن است در بیماری های روماتوئیدی و بعضی سرطان ها افزایش یابد. • مطالعات اخیر نشان می دهند افزایش سطح سیستاتین سی، با افزایش احتمال ابتلا به بیماری های قلبی، ایست قلبی، سکته ی مغزی و افزایش خطر مرگ در اثر این بیماری ها مرتبط است. • سطح سیستاتین سی تحت تاثیر جنسیت، سن، نژاد و توده ی عضلانی قرار نمی گیرد. • اکثر داروها، بیماری های عفونی یا التهابی و رژیم های غذایی در سطح سیستاتین سی تاثیر نمی گذارند.