مقاومت به پروتئین سی فعال شده (APCR) در 95 درصد از موارد به دلیل موتاسیون فاکتور 5 لیدن است. در صورتی که این مقاومت وجود داشته باشد، وجود موتاسیون باید با آزمایش ژنتیک تایید شود. در افرادی که مشکوک به اختلالات انعقادی هستند و خطر تشکیل لخته در آن ها بیش تر است. (Hypercoagulable disorders)، آزمایش برای تشخیص موتاسیون باید انجام شود. به علاوه با انجام آزمایش وضعیت هتروزیگوت (heterozygous) و هموزیگوت (homozygous) بودن فرد مشخص می شود. در حالت هتروزیگوت فقط یک کپی از ژن معیوب در فرد وجود دارد، اما در حالت هموزیگوت هر دو ژن موتاسیون پیدا کرده اند. فاکتور 5 لیدن: نوعی فاکتور 5 است که به طور طبیعی در فرایند تشکیل لخته فعال می شود، اما در برابر تخریب توسط پروتئین C فعال شده (activated protein C; APC) مقاوم است. APC سرعت فرایند انعقادی را کاهش داده و آن را تحت کنترل قرار می دهد. مقاومت به APC باعث می شود فعالیت فاکتور 5 لیدن به مدت طولانی تر ادامه یابد، که در نتیجه باعث افزایش خطر ایجاد لخته و ترومبوآمبولیسم می شود. افراد هتروزیگوت که فقط یک کپی از ژن معیوب را دارند، 8-3 برابر و افراد هموزیگو